四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所于2009年11月經(jīng)中共四川省委機(jī)構(gòu)編制委員會辦公室批復(fù)，由原實(shí)驗(yàn)場更名成立。內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)包括：職能管理部門、研究中心、院基地管理機(jī)構(gòu)（掛靠）。

職能管理部門包括所黨政辦公室、科技管理辦公室、科技產(chǎn)業(yè)中心、條件財(cái)務(wù)辦公室、后勤服務(wù)中心。

建有五個(gè)研究中心：果蔬貯藏加工研究中心、發(fā)酵食品研究中心、糧油加工研究中心、功能食品研究中心以及保鮮與物流研究中心。主要開展果蔬采后商品化處理技術(shù)研究、設(shè)施設(shè)備建設(shè)與應(yīng)用管理、冷鏈物流、精深加工研究與產(chǎn)品開發(fā)，以郫縣豆瓣、傳統(tǒng)泡菜等為代表的傳統(tǒng)發(fā)酵食品加工技術(shù)研究，菜籽油物理壓榨工藝優(yōu)化及適度精煉技術(shù)、薯類主食化及面食加工工藝研究，藥食同源及營養(yǎng)健康產(chǎn)品開發(fā)和功效評價(jià)等研究。

四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院基地管理機(jī)構(gòu)由加工所代管，下設(shè)新都基地管理中心、郫都基地管理中心和科普培訓(xùn)中心，主要負(fù)責(zé)為農(nóng)科院3000多畝的科研試驗(yàn)基地提供服務(wù)和保障、開展科普宣傳等工作。